1963年時，因本庄人口遽增，地方繁榮。乃由鎮長李德財招集庄內清江、大屯等八里里長，暨鎮民代表、庄耆等四十人，在鎮公所組織興建委員會，並推派陳天章為興建工務組長，籌建一座媽祖廟，做為庄民的信仰中心。正好日據時代大籬笆庄耆陳傳於大正14年（1925），雕塑有天上聖母神像乙尊，借辜氏田寮奉祀。
1932年，自號“味道人”之陳振榮，題贈匾額曰：“慈后宮”自此每到朔望善男信女參詣進香者，不絕於途。臺灣光復後，政府實施耕者有其田政策，本地原是藺草田一片，佃主辜彬甫深感其神威之英靈，願將其北投鎮清江里田寮中廳一間第179號，暨土地258坪餘，虔誠捐獻為天后聖母建廟基地。
1951年該地交由清江里里長陳珠忠代為管理（註1）。
1966年，乃由地方熱心人士陳天章（註2）、陳樹木等人捐款，將前殿改建落成。主祀天上聖母，副祀五穀先帝、土地公．土地婆，配祀落鼻清水祖神，寄祀有已解散清風社奉祀的西秦王爺。
1969年2月，整修竣工；並成立財團“北投慈后宮”，第一任董事長黃金興。
1971年，擴建後殿為二層樓，主祀玉皇大帝及三界公（天官、地官及水官）爐。右廡奉祀註生娘娘，左廡奉祀道祖太上老君、豁落靈官等神。
1975年10月26日 落成，舉行建醮大典。
1966年，慈后宮前殿落成以後，北投庄的年例祭典等宗教活動，改以慈后宮作為“庄頭公廟”。
（1943年，日本當局改北投莊為北投街，因此使人對北投的街、庄混淆不清。臺灣光復後，恢復庄的舊稱。）北投庄，是指日據時代北投街第7保至11保；即目前開明、中庸、溫泉、中心、林泉、長安、大同、八仙、奇岩、清江、中央等11里。這些里的團體，就是構成北投庄的單元。包括俗稱的舊北投和新北投在內。因此北投庄年例迎媽祖，及其他年中重要慶典，是以慈后宮為信仰中心，並以上述11里之居民為祭祀圈。